• Česky
• English

• Aktuality
• Informace
  • Vítáme Vás
  • Rada instituce
  • Dozorčí rada
  • Vědecký veterinární výbor pro bezpečnost potravin
  • Roční zprávy
  • Výzkumné projekty
  • Referenční laboratoře
  • Metodická a konzultační centra SVS ČR
  • Akreditovaná pracoviště
  • Knihovna
• Oddělení
• Pracovníci
• Výběrová řízení
  • Veřejné zakázky
  • Volná místa
  • Místa pro studenty
• Publikace
• ČASOPIS VET MED
• Portál sítě Centaur
• Odkazy
• Kontakty
• 

Místa pro studenty

Výzkumný ústav veterinárního lékařství v.v.i. (VÚVeL) ve spolupráci s Veterinární a farmaceutickou univerzitou a Přírodovědeckou fakultou MU v Brně připravuje vypsání níže uvedených témat pro postgraduální studium. VÚVeL v roce 2009 uspěl se svou žádostí o projekt AdmireVet, a díky tomuto projektu bude výzkum ve VÚVeL Brno v letech 2010 - 2013 podporován částkou v celkovém objemu 365 mil. Kč. Z těchto prostředků budou např. rekonstruovány prostory pro práci se zvířaty a významná částka (přes 100 mil Kč) bude směřovat i do vylepšení přístrojového vybavení na ústavu. Tento projekt počítá i s vysíláním zaměstnanců na krátkodobé studijní pobyt v ČR i zahraničí. To vše povede k vytvoření velmi dobrých podmínek pro vědeckou práci, osobní realizaci a uspokojení ve výzkumu i v průběhu postgraduálního studia. Pro postgraduální studium ve VÚVeL, v souvislosti s projektem AdmireVet, otevíráme následující témata pro postgraduální studium s počátkem studia od školního roku 2010/11:

Téma 1. Metody detekce alimentárních virů v prostředí
Téma 2. Detekce mykobakterií v potravinách pomocí molekulárně biologických metod
Téma 3. Exprese genů u Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
Téma 4. Exprese genů u Mycobacterium avium subsp. avium
Kontakt pro témata 1-4: Prof. MVDr. Ivo Pavlík, CSc.

Téma 5. Studium interakce hostitel - patogen na modelu prase - salmonela
Téma 6. Studium interakce hostitel - patogen na modelu drůbež - salmonela
Téma 7. Vývoj střevní mikroflóry v průběhu života hospodářských zvířat
Kontakt pro témata 5-7: Doc. RNDr. Ivan Rychlík Ph.D.

Téma 8. Imunologie bovinní virové diarrhoe
Téma 9. Imunologie bakteriálních onemocnění respiračního traktu prasat
Téma 10. Imunodiagnostika paratuberkulózy domácích a volně žijících přežvýkavců
Kontakt pro témata 8-10: MVDr. Martin Faldyna, Ph.D.

Téma 11. Imunologie salmonelóz u prasat
Kontakt: MVDr. Ján Matiašovic, Ph.D.

Téma 12. Studium imunologie vybraných virových onemocnění prasat (PCV2, PRRS)
Kontakt: RNDr. Jana Prodělalová, Ph.D.

Téma 13. Vývoj imunochemických metod pro stanovení akrylamidu v potravinách a ve vodě
Kontakt: Dr. Milan Fránek, DrSc.

Téma 14. Diagnostika ekonomicky významných virových patogenů skotu (BVDV, BRSV, BHV 4) a jejich charakteristika pomocí molekulárně biologických metod.
Kontakt: MVDr. Kamil Kovařčík, Ph.D.

Téma 1: Metody detekce alimentárních virů v prostředí.
Disertační práce bude prováděna na oddělení Bezpečnosti potravin a krmiv Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně Medlánkách. Dané téma se bude zabývat především vývojem a optimalizací metod izolace alimentárních virů (např. rody Norovirus, Adenovirus apod.) v prostředí (voda, sedimenty apod.) a následné detekce těchto patogenů pomocí real time PCR. Cílem práce bude zjistit riziko kontaminace různých typů prostředí a přenosu těchto virů do potravinových řetězců. Vyvinuté metodiky budou publikovány v renomovaných zahraničních časopisech.
zpět

Téma 2: Detekce mykobakterií v potravinách pomocí molekulárně biologických metod.
Disertační práce bude prováděna na oddělení Bezpečnosti potravin a krmiv Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně Medlánkách. Dané téma se bude zabývat především vývojem a diagnostikou mykobakterií v potravinách pomocí real time PCR s hydrolyzačními sondami. Cílem disertační práce budou metodiky, které bude možno použít v rutinní diagnostice. Vyvinuté metodiky budou publikovány v renomovaných zahraničních časopisech.
zpět

Téma 3: Exprese genů u Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis.
Disertační práce bude prováděna na oddělení Bezpečnosti potravin a krmiv Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně Medlánkách. Vybraný student bude zaškolen v používání základních metodik molekulární biologie (klonování, konvenční PCR, elektroforéza, apod.). Po jejich zvládnutí bude přikročeno k real time PCR a technologii DNA čipů. Dané téma se bude zabývat především aplikací nejnovějších technologií na studium transkriptomu Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in vivo, ex vivo a in vitro. Cílem by měly být podrobné informace o genech obou mykobakterií zodpovědných za virulenci, adherenci, únik před imunitním systémem, rezistenci ke stresovým podmínkám apod. Zároveň budou studovány faktory, které se podílejí na přežívání studovaných mykobakterií při zpracování kontaminovaných živočišných produktů v potravinářském průmyslu. Cílem disertační práce budou metodiky, které bude možno použít v rutinní diagnostice. Vyvinuté metodiky budou publikovány v renomovaných zahraničních časopisech.
zpět

Téma 4: Exprese genů u Mycobacterium avium subsp. avium.
Disertační práce bude prováděna na oddělení Bezpečnosti potravin a krmiv Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně Medlánkách. Vybraný student bude zaškolen v používání základních metodik molekulární biologie (klonování, konvenční PCR, elektroforéza, apod.). Po jejich zvládnutí bude přikročeno k real time PCR. Dané téma se bude zabývat především aplikací nejnovějších technologií na studium transkriptomu Mycobacterium avium subsp. avium a M. a. hominissuis in vivo, ex vivo a in vitro. Cílem by měly být podrobné informace o genech obou mykobakterií zodpovědných za virulenci, adherenci, únik před imunitním systémem, rezistenci ke stresovým podmínkám apod. Zároveň budou studovány faktory, které se podílejí na přežívání studovaných mykobakterií při zpracování kontaminovaných živočišných produktů v potravinářském průmyslu. Cílem disertační práce budou metodiky, které bude možno použít v rutinní diagnostice. Vyvinuté metodiky budou publikovány v renomovaných zahraničních časopisech.
zpět

Téma 5. Studium interakce hostitel - patogen na modelu prase - salmonela
Prasečí maso a produkty představují v současné době po drůbeži druhý nejčastější zdroj salmonelových infekcí lidí. Imunitní reakce prasete je navíc ve srovnání s nejběžnějším modelovým organismem – myší výrazně podobnější imunitní reakci člověka a průběh salmonelových infekcí tomu také odpovídá. Detailní znalost interakcí mezi prasetem a salmonelou by tak mohla přispět nejen ke snížení rizika kontaminace potravin tímto významným patogenem, ale i nové poznatky aplikovatelné při salmonelových infekcích člověka.

Experimentální práce bude zahrnovat:
• Přípravu definovaných mutantních kmenů salmonel nástroji molekulární genetiky
• Charakterizaci těchto mutantů nástroji in vitro
• Experimentální infekce buněčných kultur prasečího původu a to jak buněčných linií, tak primárních kultur

Uvedené experimentální práce budou prováděny s vyžitím metod založených např. na:
• Kvantifikaci stanovení cytokinové odpovědi prasečích epiteliálních střevních buněk, makrofágů, popřípadě dendritických buněk po kontaktu se salmonelami pomocí real-time PCR
• Studium buněčných interakcí salmonel s buňkami hostitele pomocí průtokové cytometrie a konfokální mikroskopie
zpět 

Téma 6. Studium interakce hostitel-patogen na modelu drůbež-salmonela
Drůbež, zejména nosnice, jsou nejčastější zdrojem salmonelových infekcí lidí. Toto postgraduální studium proto bude zaměřeno na přípravu definovaných mutantů salmonel s různou mírou oslabení a experimentální infekce drůbeže. Cílem je poznání rozmanitostí interakce imunitního systému hostitele a salmonel s cílem využít získaných poznatků při vývoji živých atenuovaných vakcín na ochranu chovů drůbeže před salmonelami.
Experimentální práce bude zahrnovat:
• Přípravu definovaných mutantních kmenů salmonel nástroji molekulární genetiky
• Charakterizaci těchto mutantů nástroji in vitro
• Experimentální infekce kuřat salmonelami a studium časné imunitní reakce
• Čelenžní pokusy imunizovaných kuřat a studium dlouhodobé specifické imunitní reakce kuřat a slepic
• Kvantifikaci exprese cytokinů kuřete po kontaktu se salmonelami
• Studium interakcí salmonel s buňkami hostitele pomocí průtokové cytometrie a konfokální mikroskopie
zpět

Téma 7. Vývoj střevní mikroflóry v průběhu života hospodářských zvířat
Střevní mikroflóra hraje významnou roli v přirozené odolnosti proti patogenním mikroorganismům střevního traktu. Navrhované téma se bude zabývat zejména vztahem mezi vývojem mikroflory, reakcí imunitního sytému na kolonizaci komensálními mikroorganismy a odolností vůči infekci patogenními mikroorganismy. Část práce bude věnována i stanovení podílu baktérií rezistentních k antibiotikům ve střevní mikroflóře. Studium těchto procesů bude významně založeno na nekultivačnímu přístupu k řešení této problematiky. Hlavní modelový organismus bude kuře, ikdyž pro komparativní potřeby bude analyzována i střevní mikroflora prasat a skotu.

Experimentální práce bude zahrnovat zejména izolaci celkové DNA z trusu a amplifikaci genů pro rRNA všech baktérií přítomných ve vzorku. Vzniklé PCR produkty budou štěpeny vhodnými restrikčními endonukleázami a po separaci kapilární elektroforézou buda charakterizována komplexnost střevní mikroflory. Pomocí real time PCR bude stanovena a kvantifikována i přítomnost genů pro rezistence k antibiotikům. Paralelně budou vyšetřovány tkáně hostitele na expresi prozánětlivých cytokinů pomocí real time PCR. Všechny tyto tři parametry pak budou vzájemně porovnány.

Tyto parametry budou sledovány jednak ve vztahu k věku kuřat, kuřic a slepic a rovněž v závislosti na různých intervencích jako je např. použití antibiotik, probiotik, infekce různými patogeny apod.
zpět

Téma 8. Imunologie bovinní virové diarrhoe
Onemocnění vyvolané virem bovinní virové diarrhoe (BVD) patří mezi nejvýznamnější choroby ovlivňující produkci v chovech skotu. Toto onemocnění je spojeno se snížením aktivity imunitního systému infikovaného zvířete. Navíc má virus schopnost infikovat vyvíjející se plod a vyvolat u něj perzistentní infekci. Takto infikované tele je po narození významným zdrojem infekce pro další zvířata v chovu.
Na základě in vitro interakce mezi virem BVD a hostitelskou buňkou se kmeny viru rozdělují na cytopatogenní a necytopatogenní a nověji ještě na lymfopatogenní a nelymfopatogenní. Cílem studie bude definovat rozdíly v působení jednotlivých kmenů viru BVD na buněčné kultury – primární i permanentní – se zvláštním zřetelem na produkci pro- a protizánětlivých cytokinů, cytokinů modulujících imunitní odpověď a interferonů. Tyto poznatky přispějí k pochopení patogeneze onemocnění a mechanismů patologického působení viru BVD na imunitní systém hostitele. Předpokladem dosažení cíle bude zvládnutí technik virologických a technik spojených s kultivací buněčných linií. Metody, které budou využity v průběhu řešení, zahrnují kvantitativní RT-PCR, průtokovou cytometrii a ELISA.
zpět

Téma 9. Imunologie bakteriálních onemocnění respiračního traktu prasat
Komplex respiračních onemocnění prasat patří mezi ekonomicky nejzávažnější infekční problémy v produkci vepřového masa. Jeho patogeneze je založena na interakci mezi patogenem a plicními alveolárními makrofágy. Na rozvoji tohoto komplexu se podílí jak virové tak bakteriální patogeny a velmi často se jedná o smíšené infekce.
Cílem studie bude definovat změny v produkci pro- a protizánětlivých cytokinů a dalších proteinů imunitního systému produkovaných makrofágy prasete po in vitro infekci jednotlivými patogeny podílejícími se na respiračním komplexu. Dosažené výsledky budou porovnány s výsledky smíšených infekcí. Biologický význam výsledků získaných v podmínkách in vitro bude potvrzen experimentálními infekcemi prasat a následnými laboratorními analýzami. Pro dosažení cílů budou použity techniky izolací a kultivací buněk, kvantitativní RT-PCR, metody průtokové cytometrie a ELISA.
zpět

Téma 10. Imunodiagnostika paratuberkulózy domácích a volně žijících přežvýkavců
Paratuberkulóza – chronické onemocnění střev skotu a dalších přežvýkavců vyvolané bakterií Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis – patří mezi ekonomicky a zdravotně nejzávažnější onemocnění v chovech skotu s vážným dopadem na produkci mléka. Navíc je zvažován jeho zoonotický potenciál. Intravitální diagnostika tohoto onemocnění je založena na průkazu bakterie nebo její DNA v trusu kultivačními nebo molekulárními metodami. Vylučování bakterie trusem ale není kontinuální. Další diagnostickou metodou je sérologický průkaz specifických protilátek pomocí ELISA. V některých státech světa se ale k průkazu mykobakteriálních onemocnění skotu využívá tzv. interferonový test. Cílem studie je standardizovat a navrhnout využití interferonového testu pro diagnostiku paratuberkulózy v chovech skotu v ČR a srovnat tyto výsledky s výsledky ELISA detekce specifických protilátek a výsledky bakteriologickými. Vzhledem k tomu, že důležitými parametry všech diagnostických metod je jejich senzitivita a specifita a ty jsou v případě metod imunologických dány specifickým antigenem, bude součástí řešení hledání co nejvhodnějšího proteinu, který bude v testu použit. Řešení studie bude založeno na metodách kultivace a stimulace buněk in vitro, metodě ELISA a metodách proteomiky. Současně budou využity metody průtokové cytometrie, westernblotu a ELISPOTU.
zpět

Téma 11. Imunologie salmonelóz u prasat
Salmonelóza prasat je veterinárně-zdravotní problém a má dopad zejména na hygienu produkce vepřového masa a výrobků z něj. V návaznosti na pilotní studii o promořenosti chovů prasat tímto onemocněním je v současné době zvýšená poptávka po informacích o možnostech individuální diagnostiky infikovaných zvířat za účelem snížení infekčního tlaku v chovech. Řešení studie bude založeno na popisu rozvoje antigenně-specifické imunity u prasete po experimentální infekci salmonelou. Součástí řešení bude sledování produkce specifických protilátek metodami ELISA a western-blot a sledování buněčné imunitní odpovědi metodami blastické transformace lymfocytů, kvantitativní RT-PCR a průtokové cytometrie.
zpět

Téma 12. Studium imunologie vybraných virových onemocnění prasat (PCV2, PRRS).
Práce se bude zabývat studiem vybranými virových chorob prasat. Jedná se zejména o porcinní cirkovirus 2 (PCV2) a virus porcinního reprodukčního a respiračního syndromu (PRRS). Práce v laboratoři bude zaměřena na kultivaci buněčných linií, propagaci virů na buněčných liniích, využití PCR a real-time PCR metod. Součástí práce bude kvantifikace RNA transkriptů virů v infikovaných prasečích buňkách epiteliálního/endoteliálního původu a sledování exprese cytokinů po infekci buněk tkáňových kultur.
zpět

Téma 13. Vývoj imunochemických metod pro stanovení akrylamidu v potravinách a ve vodě.
ELISA metoda, vyvinutá pro detekci neurotoxického karcinogenu akrylamidu, bude inovována s cílem zjednodušit a zrychlit analýzu vzorků potravin a vody. Pozornost bude zaměřena zejména na zjednodušení přípravy vzorků před ELISA detekcí a optimalizaci jednotlivých analytických kroků (derivatizace analytu, extrakce, detekce) včetně validace celkového analytického postupu s použitím LC-MS/MS nebo GC/MS metody. Práce nabízí rozšíření s použitím alternativních detekčních systémů, např. dipstick nebo biosensorů.
zpět

Téma 14. Diagnostika ekonomicky významných virových patogenů skotu (BVDV, BRSV, BHV 4) a jejich charakteristika pomocí molekulárně biologických metod.
Bude zavedena metoda real time RT-PCR pro diagnostiku BRSV (Bovine respiratory syncytial virus), PI 3 (Parainfluenza 3) a multiplex RT-PCR pro současnou detekci BRSV, PI 3 a BVDV (Bovine viral diarrhoea virus) z klinických vzorků. To umožní zjednodušení diagnostiky virových patogenů z případů respiračních onemocnění multifaktoriální etiologie. Následně budou sekvenovány vybrané úseky genů jednotlivých virů pro posouzení epizootologické situace v infikovaných stádech. V populaci skotu bude sledován výskyt viru BHV 4 (Bovine herpesvirus 4) pomocí sérologických testů a detekce virové DNA metodou PCR. Jednotlivé kmeny budou charakterizovány restrikční analýzou jejich genomů.
zpět