Molekulární detekce patogenů v potravinách a ve vodě

Dne 14. 6. 2022 uspořádal Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. v rámci České technologické platformy pro zemědělství seminář MOLEKULÁRNÍ DETEKCE PATOGENŮ V POTRAVINÁCH A VE VODĚ.

Seminář byl zaměřen na několik okruhů, a to na představení molekulárních metod a laboratorní infrastruktury, na detekci jednobuněčných parazitů ve vodě a potravinách živočišného původu, sledování výskytu vybraných bakteriálních patogenů v mléce, mléčných výrobcích a v odpadních vodách a na sledování výskytu antimikrobiální rezistence vybraných bakterií ve vodním prostředí, u volně žijících a hospodářských zvířat a v potravinách. Vystoupilo na něm 8 přednášejících z různých organizací a byl organizován k přenosu poznatků vzniklých v souvislosti s řešením projektu NAZV QK1810212.

Prvním přednášejícím byla MVDr. Elena Hatalová, Ph.D. (Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach), která posluchače seznámila s  metodami extrakce a subtypování kryptosporidií ze vzorků vody. Cryptosporidium spp. jsou významné vodou přenášené patogeny, které jsou odolné chlóru v koncentracích běžně používaných na úpravu vody. Kontaminace vody a její nedostatečná úprava jsou příčinami kryptosporidiových epidemií. V rámci Slovenska bylo na identifikaci kryptosporidií ze vzorků vody použito několik metod za pomoci komerčně dostupných filtrů. Ve vodních zdrojích v Nitranském okrese i v Košickém kraji byly detekovány subtypy C. parvum IIaA15G1R1, IIaA16G1R1 a C. hominis IeA11G3T3.

Následovala přednáška doc. RNDr. Petry Bořilové Linhartové, Ph.D., MBA a RNDr. Petry Růžičkové, Ph.D. (MUNI), které se zaměřily na představení výzkumné infrastruktury RECETOX - Laboratoře mikrobiomové analýzy. Tyto laboratoře existují již řadu let v Brně a poskytují komplexní zázemí pro vědce, i další odborníky pro genomové analýzy různých typů vzorků, pro populační analýzy i servis následného zpracování získaných dat.

MVDr. Jiřina Marková, Ph.D. (VÚVeL) se věnovala detekci vybraných zoonotických agens v mléce a mléčných výrobcích z kozích a ovčích farem České republiky. Konkrétně se svým týmem sledovali výskyt Corynebacterium pseudotuberculosis (původce kaseózní lymfadenitidy), Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (původce paratuberkulózy), Staphylococcus aureus a Listeria monocytogenes. Testováno bylo celkem 80 vzorků (mléko, sýr, jogurt) ze 12 farem ovcí a koz v ČR pomocí qPCR, multiplexní PCR a kultivace. Nejčastěji byla detekovaná DNA bakterie S. aureus (0 - 100 tisíc bakterií/1 g nebo 1 ml), přičemž byly nalezeny i vzorky s obsahem MRSA (n = 11) z pěti různých farem. Nálezy ostatních bakterií byly ojedinělé.

Ing. Petra Moťková (Univerzita Pardubice) se zaměřila na problematiku detekce vybraných patogenů v různých typech odpadních vod v ČR. Jak pomocí klasických kultivačních metod, tak pomocí multiplexní PCR byla zjišťována přítomnost Salmonella spp., patogenních kmenů Yersinia enterocolitica a patogenních druhů rodu Aeromonas. Testovány byly rozdílné způsoby úpravy vzorků a jejich kultivace (selektivní a neselektivní kultivační média). Byl zjištěn vliv purifikačních kroků na průběh PCR a také inhibice PCR způsobená složením média. Testované patogenní bakterie byly prokázány ve všech vzorcích odpadních vod.

Antimikrobiální rezistence (AMR) ve vodním prostředí byla tématika, které se věnovaly Mgr. Iva Sukkar, Ph.D. i Mgr. Lenka Davidová Geržová, Ph.D. (obě CEITEC, VETUNI). Ze sledování vyplývá, že výskyt determinant AMR ve vodním prostředí je také přirozený jev, že využívání antibiotik má výrazný negativní dopad na vodní ekosystémy. Nemocniční a komunitní vody jsou významným zdrojem bakterií rezistentních k antibiotikům a genů antibiotické rezistence. Kontaminace povrchové vody je těmito odpady a rezistentními bakteriemi rizikem pro veřejné zdraví. Akvakultury jsou prokázaným přispěvatelem AMR, přičemž metagenomiku lze využít pro sledování AMR celosvětově.

MVDr. Tomáš Černý, Ph.D. (SVÚ Praha) potom přednesl příspěvek Aplikace metod celogenomového sekvenování (NGS) v rámci harmonizovaného monitoringu antimikrobiální rezistence zoonotických a komenzálních bakterií detekovaných z hospodářských zvířat a potravin.

Přednáškový blok ukončila Barbora Zalewska, MSc, Ph.D. (VÚVeL), která referovala o detekci některých parazitárních původců v masných výrobcích. Konkrétně byl testován výskyt Cryptosporidium parvum, Giardia intestinalis a Toxoplasma gondii ve 41 vzorcích tepelně neopracovaných mletých mas a 82 tepelně opracovaných masných výrobků pomocí molekulárních metod. Prevalence zmiňovaných parazitů v těchto výrobcích byla velmi nízká, a proto lze říci, že riziko pro konzumenty se infikovat uvedenými parazity z daných výrobků je minimální.

Témata prezentovaná na semináři, který byl ale souběžně vysílán i on-line, byla posluchači velmi kladně přijata, což se projevilo i ve velmi živých diskuzích po jednotlivých příspěvcích. Akce byla organizována za finanční podpory MZe při České technologické platformě pro zemědělství.

Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i.
Hudcova 296/70
621 00 Brno
Česká republika

Autor:

MVDr. Soňa Šlosárková, Ph.D.
Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i.