Oddělení mikrobiologie a antimikrobiální rezistence

Vedoucí výzkumné skupiny: Barbora ZALEWSKA, MSc., Ph.D.
Tel.: +420 777 786 711
E-mail: barbora.zalewska@vri.cz

Výzkumná skupina se zabývá aspekty bezpečnosti potravin a prostředí z hlediska možnosti jejich kontaminace virovými agens. Mezi hlavní témata patří vývoj molekulárně biologických metod s tím souvisejících a studium molekulární epidemiologie. Laboratoř je akreditována dle ČSN EN ISO/IEC 17025:2018. Provádí detekci původců významných virových alimentárních infekcí (virus hepatitidy A, virus hepatitidy E, humánní noroviry, adenoviry aj.) v potravinách, prostředí a biologickém materiálu. Úzce spolupracuje s kontrolními orgány Ministerstva zemědělství (SZPI), správními úřady a zařízeními Ministerstva zdravotnictví (KHS, SZÚ, ZÚ).

Vedoucí výzkumné skupiny: Mgr. Magdalena CRHÁNOVÁ, Ph.D.
Tel.: +420 533 331 617
E-mail: magdalena.crhanova@vri.cz

Hlavní pozornost skupiny je věnována problematice udržitelnosti zdraví zvířat z pohledu hledání alternativních přístupů k používání antibiotik, se zaměřením na probiotické bakterie a studium mikrobiomů trávicích traktů zvířat se zaměřením na prasata. Výzkum je soustředěn jak na výběr vhodných probiotických mikroorganismů, tak i na vztah jednotlivých složek krmiva na podporu probiotických kmenů. V současné době se skupina zabývá charakterizací a výběrem vhodných probiotických kmenů bakterií mléčného kvašení z trávicího traktu divokých a domácích prasat se zapojením rozvíjejících se technik sekvenování nové generace (NGS). Kromě této problematiky skupina řeší i využití molekulárních metod pro detekci vybraných druhů bakterií, kvasinek, řasy Prototheca spp. a parazitárních agens ovlivňujících zdraví zvířat lidí a kvalitu potravin.
V rámci projektu NAZV QK 1910351 „Divoká a domácí prasata jako zdroj probiotických kultur a vliv technologických postupů přípravy a skladby synbiotického krmiva na jeho efektivitu a funkčnost“ byla vytvořena databáze kmenů bakterií mléčného kvašení izolovaných z trávicího traktu divokých a domácích prasat, které byly identifikovány a podrobně charakterizovány fenotypovými i genomickými analýzami. Databáze ke stažení zde
V průběhu pětiletého projektu NAZV QK1910082 „Řešení problematiky výskytu bakteriálních, protozoárních a virových zoonotických agens v chovech malých přežvýkavců“ byla vytvořena sbírka kmenů bakterie Corynebacterium pseudotuberculosis, původce kaseózní lymfadenitidy malých přežvýkavců. Tyto jednotlivé kmeny byly získány v letech 2019 – 2022 z chovů ovcí a koz v České republice a byly identifikovány a charakterizovány fenotypovými i genomickými analýzami. Databáze ke stažení a zde